Jeżeli dysponuje się odpowiednią wiedzą oraz zapleczem technicznym to wybór oprogramowania staje się jeszcze bardziej trudny przez wysokie zróżnicowanie dostępnych rozwiązań. Zaliczyć należy do nich niekomercyjne narzędzia open source, komercyjne oprogramowanie “pudełkowe”, na przykład SOTE czy oscGold i pisane na zamówienie oraz dostosowane do konkretnych oczekiwań sklepy internetowe. Wszystkie z wymienionych cechuje pełny dostęp do plików i baz danych, co stanowi istotną zaletę, której nie posiadają aplikacje hostowane. Ponadto mając akces do niezaszyfrowanego źródła aplikacji sklepu internetowego można go dowolnie zmieniać oraz wzbogacać o dodatkowe możliwości, jeśli licencja aplikacji na to pozwala.

Podczas selekcji aplikacji sklepu online nie bez znaczenia jest jego cena. Niemałą grupę skryptów sklepów internetowych stanowi soft open source. W sytuacji bardziej ograniczonego budżetu jest to najczęściej wybierane rozwiązanie. Trzeba pamiętać o tym, iż brak opłaty za aplikację nie znaczy, że wdrożenie takiego sklepu internetowego jest pozbawione kosztów. Może się bowiem okazać, co często się zdarza, iż uruchomienie oraz administracja sklepu internetowego na bezpłatnej aplikacji open source jest zdecydowanie droższe niż odpłatne rozwiązanie “pudełkowe”. Dodatkowo odpłatność za aplikację wcale nie daje gwarancji lepszych możliwości oraz szybszego działania.

Pośród oprogramowania dostępnego za darmo w obecnej chwili swą uwagę powinno się skupić na PrestaShop, OpenCart oraz Magento. Być może już wkrótce darmowe oprogramowanie sklepu online Gekosale zainteresuje rodzimych przedsiębiorców chcących prowadzić sklep w sieci. Warto nie rozprawiać o przyszłości Gekosale, gdyż system jest bardzo świeży, wciąż tworzony i nadal mało znany.